Однажды Мадока решила взять под контроль весь мир и вмешалась в само устройство Вселенной. В ходе ее действия мир целиком и полностью изменился. Хомура оказалась отрезана от родного мира и находилась в полной изоляции в совершенно другой реальности. Но проблемы возникли не только у главной героини. Подавляющая часть людей столкнулась с серьезными трудностями. Практически все люди чувствовали отчаяние. В скором времени в человеческий мир проникли различные призрачные существа. Из-за нового устройства людям пришлось забыть о мирной и спокойной жизни. Главные героини прекрасно понимают, что со Вселенной произошло нечто ужасное. Вот только волшебницы не могли точно понять, из-за чего мир так сильно изменился. В один момент волшебницы приняли решение разобраться в происходящем, потому что чувство беспокойства не проходило. Но девушки даже не представляют какая опасность поджидает их на самом деле. Есть вероятность, что у них не получится выдержать тот ужас, который на самом деле происходит. Если волшебницы продолжат поиск истины, то будут сильно удивлены. И в самый подходящий момент появилась волшебница, которую звали Нагиса Момоэ. Но сможет ли девочка хоть как-то повлиять на ход событий?