Неизвестно, когда, вероятно очень давно Япония была захвачена инопланетянами. Они установили в стране восходящего солнца свои порядки. Феодальная Япония сама была страна с очень жестким укладом, но некоторые нововведения захватчиков возмутили местных жителей. Особенно это относилось к запрету носить мечи, самурай без меча не самурай. Потомки воинов очень болезненно реагировали на это табу, за него еще очень серьезно карали. Гинтоки Сакате и его единомышленники, потомки самураев, решили бороться с захватчиками. Главный герой и два его верных друга Кагура и Шимура основали детективное агентство, которое занимается расследованием самых различных преступлений. Кагура – является представителем гордой и очень влиятельной расы в космической вселенной, а другой товарищ, по имени Шимура, обычный упорный и настойчивый человек. Если Шимура ставил перед собой какую-либо задачу, то он обязательно ее решает, несмотря ни на что. Их бюро в основном занимается пустяковыми делами, типа поиском пропавших животных, но это их не останавливало, потому что периодически, в их руки попадаются и серьёзные дела. Они проходят через массу приключений не забывая о своем главном стремлении – освобождение от тирании пришельцев.