В центре круговорота событий снова оказываются городок в альтернативной вселенной науки и магии под названием Академия-Сити, и юный школьник Тома Камидзё. Парень сумел спасти мир, но заплатил за это потерей памяти. Единственная, кого ему не удастся забыть – подружка Индекс. И она же – причина новых передряг и приключений, щедро посыпавшихся на голову подростка и его друзей. У Индекс есть нечто, весьма необходимое власть имущим – 103 тысячи гримуаров, поставленных под запрет Христианской Церковью. Для достижения целей маги готовы прибегнуть к любым средствам. Однако и друзья девочки не намерены легко сдаваться. Тем более, что в их числе – сильнейшие эсперы Акселератор и Мисака. А значит – быть серьёзным битвам. Да и в самом городке у героев явно хватает «доброжелателей». Учёные Академии ставят серию экспериментов, явно не предвещающих ничего хорошего. На фоне исторических событий развивается и запутанная линия романтических отношений Акселератора и Микото Мисаки, полная собственных жарких баталий между двумя сильными эсперами. В общем, Тома Камидзё с друзьями придётся столкнуться и с английскими рыцарями, и с местными учёными-заговорщиками, и с римскими католиками. Сумеют они отразить столько одновременных атак?