Сюжет представляет вниманию зрителей обыденную и размеренную жизнь в Японии, где вскоре начинает рушиться этот довольно привычный уклад. Один из крупнейших городов внезапно наполовину опустошается: его население просто бесследно исчезло, не оставив и следа. В эпицентре повествования находится молодой парень Такуя, работающий курьером, который выполняет условия договора с компанией. Некоторое время он не имеет никакого отношения к развитию событий, однако, происходящее начинает набирать обороты после встречи главного персонажа с девчонкой Юки – единственной вернувшейся назад, после опустошения мегаполиса. Девушка заявляет, что многочисленные пропажи людей каким-то образом связаны с письмом её папы. Такуя и Юки решают вместе отправиться в полупустой таинственный городок. Они готовы совершить многое ради того, чтобы найти причину исчезновения обитателей мегаполиса. Но всё оказывается намного сложнее, чем можно себе представить: парочка выходит на след загадочной организации, связанной с опасными людьми и заговорами. Героям необходимо распутать клубок, состоящий из различных тайн.