С тех пор как отважная и дружная команда Клэуда Стрэйфа помогла противостоять опасному и могущественному противнику и спасти мир от разрушения, прошло два долгих года. Теперь планете ничего не угрожает, наступил долгожданный мир. Могучему воину Клэйду пришлось заниматься более мирными делами, ведь войны больше нет, но память о ней осталось надолго в его сердце. Он решает поселиться в одном из отдаленных сиротских приютов, где всеми силами пытается забыть о тех днях, когда кровавые сражения уносили безумное количество невинных жизней и несли ужасные горечи страданий и потерей.Но недолго главному герою пришлось наслаждаться мирным существованием, его ждут новые приключения, в которых парню опять придется защищать население планеты от ужасной, смертельной катастрофы. Страшная болезнь пришла в мир людей, каждый день от нее гибнут невинные граждане, и ни кто не может понять, из-за чего это происходит, и соответственно придумать для него хоть какое-то лечение. В это же время по окрестностям города бродит загадочный мужчина, в планы которого входят темные дела. Явно, что он задумал плохое, и пытается всеми силами воплотить это в действие, а главная цель незнакомца, это беззащитные дети из сиротского приюта.