Такаши Нацумэ по-прежнему видит духов и продолжает с ними активно общаться. Но делает это втайне от большинства людей. Однажды юноша увидел одного из своих старых знакомых по имени Юки, ранее говоривший неправду по поводу екаев. Эти двое начинают снова общаться, что приводит к грустным воспоминаниям Нацумэ об одном екае. Только общение с хорошей знакомой бабушки юноши, которую зовут Йориэ Цумуро, помогает Нацумэ полностью восстановиться после бремени тяжелого прошлого. Естественно, духу становится неуютно в присутствии главного героя, осознавшего все происходящее с ним.Во дворе у бездетной семьи Фудживара, приютившей в свое время мальчика Нацумэ, появляется дерево с аппетитными фруктами. Данное растение выросло всего за одну ночь из-за того, что туда попали необычные семена екая. Один из духов по имени Нянко, которого ранее освободил Нацумэ, съел плод этого дерева, поскольку рассматриваемый герой всегда любил чем-то полакомиться и даже выпить саке. А дальше происходят настоящие чудеса. Этот давний покровитель Нацумэ из потустороннего мира духов превращается в три существа. Поскольку чудодейственное дерево обладало необыкновенной магической силой.